OPTIMASI PRIMER SINGLE NUCLEOTIDE AMPLIFIED POLYMORPHYSM (SNAP) PADA GEN BRASSINOSTEROID (BRI) KELAPA SAWIT

Roberdi Roberdi, Ogi Ajitiyo Ramadhan

Abstract


Optimisation of Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) Primers in Brassinosteroid (BRI) Gene of Oil Palm 

Oil palm varieties that have high yields still have a high rate of stem height increase, and it has an impact on difficulties at harvest. Brassinosteroid (BRI) is one of the growth hormones that regulate stem height increase. In this study, the sample used is three types of oil palm, namely E. guineensis which represents the height growth of normal oil palm stems, E. oleifera which represents slow stem height growth, and the result of crossing or hybrid Eo x Eg which is expected to inherit the traits between the two the crossed parent. Sequencing was carried out on samples using a specific primer for the BRI gene that triggers elongation and division of stem cells. The Single Nucleotide Amplified Polymorphisms (SNAP) primers used in the analysis process need to find the optimum temperature to obtain the optimum PCR conditions. Four primers of Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) that get the optimum temperature with a mixture of normal reagents are BRI 69 Alt-Rev and BRI 562 Ref-Rev at 55oC, BRI 1206 Alt-Rev at 57oC and BRI 1206 Ref-Rev at 58oC. Two primers require additional MgCl2 in the reactant mixture, namely BRI 69 Ref-Rev at 55oC and BRI 2115 Alt-Rev at 56oC.

Keywords: Oil palm, Brassinosteroid, Primer, DNA, Genes

ABSTRAK 

Varietas-varietas kelapa sawit yang memiliki daya hasil tinggi umumnya masih memiliki laju pertambahan tinggi yang relatif cepat dan berakibat pada kesulitan saat panen. Brassinosteroid (BRI) merupakan salah satu hormon pertumbuhan yang mengatur pertambahan tinggi batang. Pada studi ini, Sampel yang digunakan adalah tiga jenis kelapa sawit yaitu sampel E. guineensis yang mewakili pertumbuhan tinggi batang kelapa sawit normal, E. oleifera  yang mewakili pertumbuhan tinggi batang lambat, dan hasil persilangan atau hibrida Eo x Eg yang diharapkan mewarisi sifat antara kedua induk yang disilangkan. Sekuensing dilakukan pada sampel menggunakan primer spesifik gen BRI yang memicu pemanjangan dan pembelahan sel batang. Primer Single Nucleotide Amplified Polymorphisms (SNAP) yang digunakan dalam proses analisis perlu dicari suhu optimumnya agar didapatkan kondisi PCR yang optimum sehingga dihasilkan produk PCR yang spesifik. Empat primer Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) yang mendapatkan suhu optimum dengan campuran pereaksi normal yaitu BRI 69 Alt-Rev dan BRI 562 Ref-Rev pada suhu 55oC, BRI 1206 Alt-Rev pada suhu 57oC dan BRI 1206 Ref-Rev pada suhu 58oC. Dua primer membutuhkan tambahan MgCl2 pada campuran pereaksinya yaitu BRI 69 Ref-Rev pada suhu 55oC dan BRI 2115 Alt-Rev pada suhu 56oC.

Kata Kunci: Kelapa sawit, Brassinosteroid, Primer, DNA, Gen

Full Text:

PDF

References


Asy’ari, M. & Noer, A.S. (2005). Optimasi konsentrasi MgCl2 dan suhu annealing pada proses amplifikasi multifragmens mtDNA dengan metoda PCR. Jurnal Kimia dan Sains Aplikasi, 8 (1), 23-27.

Campbell, N.A., Reece, J.B. & Mitchell, L.G. (2002). Biologi Edisi Kelima: Jilid I. Jakarta: Erlangga.

Corley, R. H. V. & Tinker, P.B. (2015). Oil Palm: Fifth Edition. West Sussex (UK): John Wiley & Sons Co., Ltd.

Fuad, A. R. M., Ulfin, I.& Kurniawan, F. (2016). Penggunaan agar-agar komersial sebagai media gel elektroforesis pada zat warna Remazol: Pengaruh komposisi buffer, pH buffer dan konsentrasi media. Jurnal Sains dan Seni ITS , 5 (2), 2337-3520.

Hasibuan, E. (2015). Peranan Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) Terhadap Perkembangan Ilmu Pengetahuan. Fakultas Kedokteran. Universitas Sumatera Utara, Medan.

Ludyasari, A. (2016). Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR Terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah (Skripsi). Fakultas Sains dan Teknologi. Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang, Malang.

Macherey-Nagel. (2015). Genomic DNA from Plant: User Manual of Nucleospin® Plant II. Macherey-Nagel GmbH & Co. KG. Dueren (Germany).

Mubarok, A.F. (2015). Validasi Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) Berbasis Genom dan Pemanfaatannya untuk Uji Kekerabatan 50 Aksesi Kedelai (Skripsi). Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Natawijaya, A. (2018). Keragaman dan struktur genetik plasma nutfah kelapa sawit koleksi Taman Buah Mekarsari berdasarkan karakter agronomi dan marka mikrosatelit (Tesis). Sekolah Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Suguna, S., Nandal, D. H., Kamble, S., Bharatha, A., & Kunkulol, R. (2014). Genomic DNA isolation from human whole blood samples by non enzymatic salting out method. International Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences, 6 (6), 198-199.

Susanto, A., Hermanto, C. Sukma, D. & Sudarsono. (2013). Pengembangan marka SNAP berbasis Resistance Gene Analogue pada tanaman pisang (Musa spp.). Jurnal Hortikultura, 23 (4), 300-309.

Syafaruddin, Randriani, E. & Santoso, T. J. (2011). Efektivitas dan Efisiensi Teknik Isolasi dan Purifikasi DNA pada Jambu Mete. Buletin RISTRI, 2 (2), 151-160.




DOI: https://doi.org/10.31938/jsn.v9i2.265

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2019 Jurnal Sains Natural

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

 

Lisensi Creative Commons
Ciptaan disebarluaskan di bawah Lisensi Creative Commons Atribusi-BerbagiSerupa 4.0 Internasional.